AviUtl拡張編集プラグイン0.90e4から、拡張編集プラグインでCtrlキーを押して複数のアイテムを選択した後、アイテム編集ウィンドウでCtrlキーを押しながらフィルタを適用すると選択したアイテム全てにフィルタを適用できるようになりました。
ゆっくりMovieMakerでの編集後、AviUtlで追加の編集を行う時に役立つと思うので、是非一度試してみてください。

参考： AviUtl拡張編集0.90e4公開！新機能「フィルタ一括適用」