画面サイズがゆっくりMovieMakerで指定したサイズと異なっている

AviUtl側で、プロファイルを設定しているの原因です。
AviUtlのメインウィンドウ上部メニューより、
「プロファイル→プロファイルの編集→現在のプロファイルを初期値に戻す」
を選択することで、画面サイズが正常な物に戻ります。